Red PaPaz está gobernada por una Asamblea General y por un Consejo Directivo, ante el cual responde una Directora Ejecutiva quien orienta las labores de los comités de voluntarios y del equipo de delegados de las instituciones educativas a través de los cuales se desarrollan las funciones de la organización. El Consejo Directivo recibe la asesoría especial del Consejo de Rectores, conformado por los rectores de las instituciones educativas afiliadas, y la del Revisor Fiscal.